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动植物WGS-二代测序

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全基因组测序(WGS)是一种高通量测序技术,能够个体或群体水平上挖掘大量遗传多态性信息,包括SNV(SNP和INDEL)、拷贝数变异(CNV)和结构变异(SV),此技术在动植物研究领域的应用十分广泛,可揭示不同品种的遗传结构、驯化机制与种群进化历史,它在动植物育种研究有着极其重要的应用价值。

 

实验流程

(PCR-free建库,无“PCR扩增”步骤)

 

送样建议

样本类型

建议送样量(普通建库)

建议送样量(PCR-free建库)

DNA样本

总量≥400ng,浓度≥5ng/µL

总量≥2µg,浓度≥20ng/µL

植物(根、茎叶、花、果实/种子、幼苗)

常规材料≥500mg,特殊材料≥1g

常规材料≥1g,特殊材料≥2g

动物

组织

常规材料≥200mg,特殊材料≥500mg

常规材料≥400mg,特殊材料>1g

细胞

≥2*106 细胞

≥4*106 个细胞

全血

哺乳动物全血≥400µL , 鸟类,鱼类 ≥100µL;
凝血不能提取

哺乳动物全血≥800µL , 鸟类,鱼类 ≥200µL;
凝血不能提取

FFPE

相当于5-10µm蜡卷,≥10片

相当于5-10µm蜡卷,≥20片

羊水

3-5mL

6-10mL

 

 

交付指标

建库策略

测序平台

测序策略

交付周期

交付内容

普通建库

PCR-free 建库

NovaSeq X Plus
DNBSEQ-T20X2
DNBSEQ-T7

PE150

7个自然日

交付fastq文件(建库测序)

交付vcf和gvcf文件(建库测序分析)

交付完整分析报告(建库测序分析)

 

 

分析流程

 

 

结果展示

部分结果展示:图A,比对到基因组的序列占比; 图B,去重复后的序列占比对到基因组的序列数的比例; 图C,基因组覆盖深度分布图; 图D,基因组盖深度累计分布图; 图E,基因水平注释的变异位点统计饼图。

 

 

 

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