全外显子测序服务
全外显子测序服务
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全外显子测序 (Whole-exome sequencing,WES)是利用序列捕获技术针对人体全部基因的外显子区域捕获富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子区域虽仅占全基因组1%左右,却包含了85%的致病突变。相比全基因组测序,全外显子测序更加经济、高效。外显子组测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据,有利于更好地解释所得变异与疾病的关系。
▇ 我国癌症发病率与死亡率统计数据
▇ 应用实例
为了探究黄斑变性疾病( STGD1)在中国人群中ABCA4基因的突变谱,本研究通过MGISEQ-2000对153例样本进行全外显子检测,分析和遗传性眼部疾病相关的792个基因,发现了37个新发突变,进一步拓展了ABCA4基因的突变谱。研究表明STGD1患者的基因检测将提高临床诊断的准确性,而中国人群ABCA4突变谱的完善将更有利于未来STGD1患者的早期筛查。
▇ 样本要求
组织类型 | 需求量 |
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新鲜组织 |
手术新鲜组织:1粒,组织体积约绿豆 大穿刺新鲜组织:1条,长度大于1厘米 |
石蜡样本 |
手术组织石蜡切片:10 张(面积五角硬币1/4大小) 穿刺组织石蜡切片:≥20张(单张面积>3mm²)或≥30张 (单张面积>2mm²) 蜡块:1块,组织体积约绿豆大 |
血液 |
全血(对照)≥5ml 全血(检测)≥10ml 血浆(检测)≥4ml |
文库样本送检标准 |
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1. 文库质检为单一主峰,片段范围在100-500bp间,且主峰位置前后各50bp范围内峰面积超过峰总面积80%,无明显拖尾现象。
2.每个 DNB制备体系所需单链环化文库量为 150 fmol,已环化文库要求初始ssDNA浓度 ≥7.5 fmol/μL。T7包芯片的话要求可以制备5管DNB的ssDNA用量。
3.illumina双链DNA文库包lane要求总量>150ng,浓度>3ng/μL,散样要求总量>50ng(去除用于质检的2ul后),浓度>2.5ng/ul。
4.华大双链DNA散样文库要求总量>1pmol,体积<34ul,总量>350ng,华大单链DNA散样文库要求浓度>2ng/ul,体积<20ul,总量>40ng。
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测序平台 | 测序策略 | 测序深度 |
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BGISEQ-T7 |
PE100/PE150 |
单基因病 / 复杂疾病有效测序深度 100X 以上 |
▇ 样本要求
◆ 采用twist探针,覆盖范围全面,目标区域均匀富集。
◆ 单链滚环复制,更少PCR扩增错误引入。
◆ DNBSEQ的变异检测一致性高,对InDel检测灵敏度更高。