10×Visium CytAssist HD空间转录组
10x Visium HD空间转录组测序是10X Genomics公司于2024年推出的新一代高分辨率空间转录组测序技术，Visium HD采用探针捕获技术，基于CytAssist仪器转片，由于无需预透化实验使得整个实验简洁高效，捕获区域为6.5×6.5 mm规格，以2×2μm带有空间位置标签小方格连续无间隙排列从而实现单细胞分辨率，为肿瘤生物学、神经科学、发育生物学及临床研究提供更精细的分子图谱
技术原理
- 组织样本准备：新鲜冷冻（FF）或福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，切片后贴附于Visium玻片
- 组织染色与成像：对切片进行染色（比如HE）
- 探针杂交与CytAssist转片：探针杂交与连接、CytAssist转片
- 文库构建：将带有空间条形码的cDNA片段进行扩增，并添加测序引物，构建高通量测序文库
- 高通量测序：使用测序平台进行测序，获取每个空间位置的基因表达数据
- 数据分析：10X Space Ranger表达定量分析与Loupe Browser交互式查看基因表达的空间分布
技术优势
- 单细胞级空间分辨率：通过2μm超高密度探针阵列，实现单细胞级别的基因定位，精准空间定位稀有细胞亚群
- 优化的探针设计：探针支持人与小鼠全转录组覆盖
- 多模态数据无缝整合：基因表达数据与HE染色自动对齐，实现组织形态与转录组关联分析
应用方向
- 肿瘤生物学与精准医疗：绘制肿瘤亚克隆空间图谱、空间特异性生物标志物
- 神经科学与脑疾病研究：解析神经元亚型在脑区的精确分布、追踪神经退行性疾病病理特征
- 发育与再生医学：胚胎发育中细胞命运决定的时空动态、类器官模型空间模拟度评估
- 免疫学与炎症疾病：可视化免疫细胞-基质细胞互作、定位自身免疫病的炎症起始灶
- 临床病理与生物标志物发现：空间多组学队列研究、空间预后模型
ꁲ
ꁲ
ꁲ
