10×Visium CytAssist V2空间转录组
10x Visium空间转录组测序是一种新一代能够组织切片上解析基因空间表达分布模式的技术，它采用玻片芯片技术，每张玻片包含4个6.5×6.5 mm的捕获区域，每个区域约5000个Spot，每个Spot根据不同组织类型约包含1到10个细胞，最新的V2版本基于杂交探针方式，通过切片组织渗透出来的探针与玻片上带有空间位置条形码的polyT捕获探针结合，实现基因表达数据与空间位置的匹配，该技术可在FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）或新鲜冷冻组织中，结合组织形态学信息绘制全转录组图谱，提供关于发育、疾病病理及临床转化研究的新见解。
技术原理
- 组织样本准备：新鲜冷冻（FF）或福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，切片后贴附于Visium玻片
- 组织染色与成像：对切片进行染色（比如HE）
- 组织透化：优化透化时间，释放的mRNA与玻片上的包含空间条形码探针结合
- 文库构建：将带有空间条形码的cDNA片段进行扩增，并添加测序引物，构建高通量测序文库
- 高通量测序：使用测序平台进行测序，获取每个空间位置的基因表达数据
- 数据分析：10X Space Ranger表达定量分析与Loupe Browser交互式查看基因表达的空间分布
技术优势
- 空间信息保留与全转录组覆盖：在完整保留组织空间位置信息的同时，实现全转录组的高通量检测
- 多模态数据整合能力：支持将表达数据与HE染色图形精准叠加，实现形态与转录组联合分析
- 高灵敏度与标准化流程：V2版本通过优化探针和化学试剂，显著提升低表达基因检出率，从样本制备到数据分析的标准化流程
应用方向
- 肿瘤微环境解析：揭示肿瘤异质性、免疫细胞空间分析及耐药机制
- 神经科学研究：绘制脑区的基因表达图谱
- 发育生物学研究：追踪胚胎或器官发育过程中的基因表达时空规律
- 炎症与自身免疫疾病：定位炎症病灶中的关键细胞亚群及信号传导网络
- 临床转化与生物标志物发现：从空间维度挖掘疾病诊断或治疗靶点
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