华大时空转录组Stereo-seq FFPE
石蜡包埋样本（Formalin-Fixed Paraffin Embedded, FFPE）因其易于保存且能较好地保存样本组织形态的特点，在全球医学与科研领域被广泛应用。 FFPE样本在制作过程中，组织固定、浸蜡等步骤会造成RNA的断裂，导致FFPE组织不适用于基于poly-T探针的时空转录组技术。华大时空转录组FFPE产品方案利用带有空间坐标信息的“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，实现单细胞分辨率全转录组空间表达图谱的构建。研究者可根据研究需求和目的，在同一张组织切片上进行H&E染色或细胞核染色，结合强大的分析工具，以单细胞级分辨率灵活开展多模态数据分析，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。
技术原理
- 组织制备：对 FFPE 样本进行切片，并通过捞片将切片铺贴到时空芯片上
- 染色成像：组织切片脱蜡后，使用荧光染料或 H&E 试剂进行染色并显微拍照
- 解交联与透化：解交联、固定与透化后，随机探针可原位捕获组织细胞中的 Total RNA 分子，并进行逆转录获得 cDNA
- 文库构建：对 cDNA 进行释放并扩增，获得时空测序文库
- 测序分析：使用华大 DNBSEQ 系列高通量测序仪完成测序后，可通过时空云平台或本地分析工具进行可视化分析及数据挖掘
技术优势
- 同张切片H&E或细胞核染色：根据研究需求，可选择在同一张组织切片上进行H&E染色或细胞核染色，实现多模态数据获取及融合分析
- 编码及非编码RNA共捕获：基于随机探针的技术原理，可同时实现mRNA和non-coding RNA的原位捕获
- 无物种限制：不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘
- 宿主和微生物共检测：可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系
应用方向
- 细胞图谱：细胞空间图谱、细胞空间互作等
- 疾病研究：肿瘤异质性、肿瘤发生发展机制、免疫微环境、炎症类疾病、神经疾病等研究
- 生物标志物研究：生物标志物筛查、疾病预测与早期诊断、预后效果监测等
- 宿主与微生物互作研究：肠道微生物与宿主互作、肿瘤内微生物与肿瘤病理关系、病原菌与宿主互作、根瘤菌-豆科植物共生等
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非编码 RNA 调控研究：lncRNA 等非编码 RNA 的空间表达特征与异质性、lncRNA 的调控作用与机制等
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