华大时空转录组Stereo-seq FFV1.3
华大Stereo-seq时空转录组产品方案是同时以“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”实现“组织到数据 ”的整体解决方案。该方案利用带有空间坐标信息的含有Poly T的捕获探针，实现新鲜冷冻（Fresh Frozen, FF）样本组织细胞内的mRNA分子原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，实现组织空间检测。时空转录组FF最新版本为V1.3。其凭借卓越的捕获性能，通过快速简便的工作流程，可捕获到高水平基因数，轻松实现Cellbin分析；结合强大易用的分析工具，精细探索细胞基因表达时空规律。此外，用户可灵活选择同片细胞核或H&E染色，满足多样化的研究需求
技术原理
- 样本准备：对组织样本进行冷冻、OCT 包埋和切片（切片厚度一般为 10μm），并将其铺贴到芯片 T
- 染色成像：组织切片固定后，对切片进行细胞核染色或 H&E 染色，并显微拍照
- mRNA 捕获和 cDNA 合成：组织切片透化后，具有空间坐标信息和 Ploy T 的探针可原位捕获细胞释放的 mRNA 分子，并进行逆转录获得 cDNA
- 文库构建：对 cDNA 进行合成与扩增，获得可用于测序的时空文库
- 测序：获得时空测序文库后，使用 DNBSEQ 系列高通量测序仪进行测序
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数据分析和可视化：通过 Stereo-seq Analysis Workflow (SAW) 对空间基因表达数据进行处理，并利用 StereoMap 可视化软件实现交互式探索实验结果
技术优势
- 捕获基因数显著提升：以 500 nm 级分辨率实现无偏全转录组原位捕获，每个细胞可获得高水平基因数，可实现 Cellbin 分析，精细解析基因表达空间特征
- 兼容性高：适用于全物种新鲜冷冻样本及 RIN 值较低的珍贵样本；兼容 1 cm×1 cm 和 0.5 cm×0.5 cm 芯片；支持灵活选择同片细胞核或H&E染色
- 工作流程快速简便：试剂预混，试剂盒组分减少，操作简单流畅，1 天即可获得纯化后的 cDNA 产物，高效获取空间转录组数据
- 分析工具强大易用：数据分析工具安装配置和操作简单便捷，交互友好，可视化能力丰富，可兼容所有第三方分割算法的结果
应用方向
- 重新认识生命结构：实现从器官结构到功能解析，绘制各种器官内的基因特征、细胞类型、密度及其互作关系
- 重新认知个体发育：可应用于解析包括大脑、心脏、肠道和脊髓等发育中的器官，以及包括人类、小鼠、斑马鱼和果蝇在内的多种物种胚胎的时空动态
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重新认知物种起源：以时空分辨率揭示不同物种同源细胞类型及其分子基础，阐明物种在进化过程的适应性
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重新定义人类疾病：揭示组织内基因变异、转录和表观信号的时空分布
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