DSP数字空间多组学
GeoMx®（Digital Spatial Profiler）空间多组学平台结合了组织影像分析和原位定量技术，可在展示全局组织结构的基础上，进一步实现从复杂组织中对细胞亚群或特定结构的精准分析。在获得高分辨率的样本空间信息的同时实现高靶标蛋白（~1200种蛋白质）和全转录组（~20000个基因）空间原位表达谱的精准获取。最新的DSP工作流程可以支持在一张组织切片上同时检测RNA和蛋白的空间原位表达信息。GeoMx® DSP兼容多种组织样本类型（如FFPE、新鲜冻存样本等），成为基础科研、转化医学研究和临床实践探究中强大有力的工具。
技术原理
- 样本制备：将FF或者FFPE组织切片置于防脱玻片上（有效区域内14mm × 34.4mm）；
- 形态学marker预染：评估形态学marker是否满足研究需求；
- 杂交染色：将成像试剂（荧光标记的抗体/探针）、定量试剂（DSP条形码标记的抗体/探针）和组织切片进行混合杂交和染色；
- ROI圈选：对染色后的图片进行扫描，在DSP机器上进行ROI区域圈选；
- 产物收集：UV光解并收集ROI中探针上的DSP条形码；
- 文库制备与测序：对收集产物进行文库制备，后续进行NGS测序；
- 数据分析：利用DSP平台对数据进行预处理，结合生信流程进行定量分析，最终得到不同组织空间区域（ROI）的表达谱信息。
产品优势
- 样本兼容性高：可以对FFPE或固定冷冻组织单个切片中的全转录组进行定量和空间分析；
- 灵活圈选：可以实现几何图形、特征分割、等高线圈选、等格圈选等自由灵活的ROI圈选策略，适配多种组织样本和研究目的；
- 高灵敏度：无与伦比的高灵敏度RNA检测，不让您错过样本中低丰度表达的重要靶标；
- RNA与蛋白共检：在同一切片中可以实现RNA和蛋白共检测，节省样本。
应用方向
- 生物标志物：肿瘤异质性、分型、耐药、转移、免疫微环境及生物标志物的发现；
- 免疫学、感染科学：免疫应答、治疗和预后的靶点发现、感染和组织损伤与肿瘤发生关系、感染的分子物理图谱；
- 神经科学：神经系统细胞群组织原为分布和相互作用机制、神经退行性疾病、神经感染、神经系统肿瘤；
- 组织疾病：器官组织异质性、组织器官亚结构分析和疾病关系、组织疾病精细分子病理图谱；
- 发育生物学：器官亚结构发育分子机制、发育类疾病相关的分子生物学通路的研究。
送样要求
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样品 类型 |
保存 容器 |
样本量 |
厚度 |
运输方式 |
备注 |
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石蜡块 |
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组织含量≥50mg 能切出至少10张3μm切片 |
/ |
冰袋运输，4℃入库 （冬天可常温运输） |
对年限暂无要求 |
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白片 |
切片盒 |
4 张连续切片 （预染 + HE +正式实验+备用） |
●石蜡切片：冰袋运输，4℃入库 ●冰冻切片：干冰运输， -20℃或-80℃入库 |
●不要超区 ●使用防脱载玻片（推荐世泰） |
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蜡膜(拼片） |
离心管或6孔板 |
6 张连续切片+ 1 张白片 （预染 + HE +正式实验+备用） *取样过程有引入水珠的风 险，引起蜡膜受潮等影响， 因此建议准备一张白片直接 用于 HE |
对厚度无要求 |
干冰运输，-80℃入库 |
● 蜡膜容器必须保持干燥 ● 蜡膜容器外围用透明胶缠好，保证密封 ● 到达实验室的蜡膜在容器内是浮游状态，才会被判为合格样本并入库 |
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